伊甸园之河

1. 我们体内的基因，能够从远古时期传承至今，完全得益于其采用的数字调制方式（四元调制），而非模拟调制。如果采用模拟调制，复制过程中的误差将被逐级放大，很快就会面目全非。

2. 基因之河在生物的体内流淌。与现实的江河不同，它不是逐渐汇成干流，而是随时间推移逐渐分出支流。其中大部分支流已经在地球上消失得无影无踪。这些支流一经分叉，就鲜有重新汇合的机会，一个主要的原因是偶然发生的地理上的分离。不过也有例外，相似的物种之间仍有可能可以交配，从而使分离的基因又汇合到一起。但如果两条河流分离得太久，它们就不会再相容了。

3. 虽然一个动物体内的所有细胞里面包含的DNA都是相同，但各种细胞组成的组织却千差万别。这是由于在不同的组织细胞中，只有相应的基因才被激活。具体哪些基因会被激活，是由细胞内的化学物质（酶）来决定的。那又是为什么从同一个受精卵开始，会分化出各种不同的细胞？这是因为受精卵虽然看上去是个对称的球体，但它实际上是有极性的，里面化学物质的分布并不均匀。若干次分裂以后，其差异就足够大了。

4. 把时间往前回溯到足够久远的过去，那时地球上的任何一个人，要么是当今所有人的祖先，要么不是当今任何人的祖先。试想3.5亿年前，一条刚出水中爬出来的鱼是我的祖先，却不是你的祖先，那是不可思议的。当然，事实上肯定不用追溯到那么远就可以找到我们的共同祖先了。

5. 两性结合打乱的人类的基因，使得我们难以通过它追溯自己的远祖谱系（Y染色体虽然是男性单传，不被破坏，但其包含的信息太少）。所幸的是我们细胞内还有线粒体，它是细胞里的动力工厂，但它原先其实只是定居在大细胞里的细菌。线粒体有自己的DNA，而且只通过分裂来繁殖；更重要的是，它只来自卵子（精子里的少量线粒体在受精之后就被抛弃了），即只从母系遗传。据此，人们通过比对世界各地人类的线粒体DNA，分析出最有可能的遗传谱系，结论是离我们最近的当今人类的纯母系共同祖先――称她为"线粒体夏娃"――生活在大约25万年前的非洲。不过，并不是说她就是我们的最近的共同祖先。实际上，我们的最近的共同祖先是男性的可能性更大。

6. 当观察到自然界的各种奇妙现象，比如兰花把自己伪装成雌黄蜂的样子以吸引雄黄蜂为它传播花粉，再比如人眼长成如此灵敏巧妙的结构，人们往往愿意相信这是上帝的精巧设计，而不相信这是经过漫长的中间过程进化而来的结果。对于拟态的例子，进化论的解释是，首先，其实并不需要长得多巧妙，因为那些动物或昆虫的行为是非常机械的，很容易欺骗。比如母火鸡仅仅依靠声音来判别小火鸡，一只耳聋的母火鸡会因为听不见小火鸡的叫声而凶狠地将自己的孩子全部咬死――这样的例子不胜枚举。其次，中间过程即使不完美，但也是有益的。比如，能骗过十米外的捕食者的简单伪装，虽然不能以此躲过一米外的捕食者，但相对于没有伪装的个体，其生存几率总是更大。经过渐变的进化过程，其伪装水平会越来越高。眼睛的进化也是如此。模拟显示，从感光细胞进化成照相机式眼睛，只用50万年时间，远比人们想像的要短。事实上在动物界，眼睛已经进行了不下40次独立进化。

7. 自然界中被最大限度扩展的实用功能是DNA的生存。动物世界的性别比通常为50:50，但在许多物种存在"后宫制"，比如一个象海豹群，4%的雄性占据了88%的交配量，另外96%的雄象海豹似乎除了浪费食物就毫无用处。那为什么其性别比不是另外一个值，以使得雄性正好可以使所有雌性受孕？对此达尔文也困惑不解。费舍尔给出了解释：因为所有雄性的总生育数等于雌性总生育数，若雄性少于雌性，则雄性的平均生育数会大于雌性。那么为了拥有更多的子孙（以延续自己的DNA），父母会倾向于生儿子（指遗传倾向，无需意志），从而改变原先的比例。只有在性别比为50:50，才能达到进化的稳定点。不过严格来说，自然选择的并不是个体数量的平衡，而是"父母支出量"的平衡。

8. 生命的复制大爆炸可比之于恒星的爆炸，从地球来看须经历一系列门槛：拷贝系统，表现型，复制者，多细胞，神经元，知觉意识，语言，协作技术，无线电，以及太空旅行。现在人类已经跨过了第九个门槛，使得大爆炸的证据可以泄露到遥远的宇宙空间了。

我的二〇〇八

在即将过去的二〇〇八年里，发生了不少大的事情，这些事都或多或少地影响到了每个人，自然也包括我。
年初，在不多见的雪天里，我顺利回到了家，暗自庆幸。
三、四月份，在网上看各种关于西藏事件和火炬传递的报道与讨论，一度热血沸腾。
五月，十二号那天，在驾校的班车上，我从YX那里得知地震的消息，当时还没意识到那是一场怎样的灾难。而一周以后，我是在驾校的考场，听着外面的汽车笛声长鸣，与所有人一起默默哀伤。
八月，八号的晚上，我是在四环路的北辰桥上，遥望正在举行的巨大盛典，与大家一起呼喊着加油。几天之后，也去工人体育场观看了一场激烈的比赛，算是没有错过奥运的精彩。
九月，见神七升空，才想起它在几年前还曾经被我们讨论得热火朝天……据说最终也采用了CDMA通信技术。
十月初，我在杭州的公交车上听着新闻，看美国的议员们如何为救市方案吵得不可开交。那时还没想到这场风暴也会在马上到来的冬天让我自己感到阵阵寒意。

于我而言，二〇〇八也是不平凡的一年。回顾一下自己在这一年中所做的事：
1. 上半年花不少精力完成了学位论文；六月底通过答辩；十月份拿到学位证书。
2. 结束了实验室的工作（尽管很难说完成）。七月初离校，稍微玩了两天。
3. 五六月份学车，顺利地拿到了驾照。
4. 年初确定工作，七月份上班。开始了新的研究。
5. 换了一个居住环境，学着煮面和做菜。偶尔也做些运动。
6. 一年都为睡眠问题所困挠，尤以下半年为甚，都几乎没睡过好觉。希望明年能有所改观。
7. 认识了一些以前不认识的人，经历了一些以前没经历过的事。

也算有了一篇Transaction

前两天终于收到TVT的邮件，通知文章录用了。这篇文章的审稿过程真是拖得比较久的：2007年8月提交初稿；9月分配Associate Editor；12月给初审结果，大改；2008年3月提交修改稿；6月给二审结果，小改；7月再提交修改稿；之后四个多月一直没有音信，发邮件去问，于是才在11月底收到录用通知。这个过程花费了我不少精力，现在也总算有了个结果，尽管TVT的影响因子并不怎么高。本来这篇文章水平并不怎么样，只是每次对审稿人提出的一大堆问题都回答得比较认真，也一一作了相应修改。估计最后已经把审稿人折腾得不行，就把我放过了。想起以前读到过的大卫・吕埃勒的话，还真不是无稽之谈。

PS，当初选择投TVT的一个原因是它没有强制的版面费（Page Charge）；没想时过境迁，现在又开始收了，而且价格不菲。

跨入双核时代

进入公司以后，已经被那台C3 1G的Office PC整整折磨了四个月。那台电脑堪称是我用过的倒数第二快的机器，操作它需要具备足够的耐心。反应速度慢不说，每天还要抽疯两次，早上开机后一次，晚饭后再来一次，每次十五分钟至三十分钟不等。一到任务多的时候，真是要急死人。好在今天终于申请到了一台RD PC，配置Core 2 Duo 2.2G，DDR2 2G，这还是因为有人主动离职才转到我手上的。不管怎样，以后不用再忍受那台破机器了；虽然有点晚，好歹俺也从此跨入了双核时代。

PDF阅读器

工作以后，使用盗版软件就不能像学生时代那么理直气壮了。加上最近舆论压力比较大，有心改邪归正。可惜公司购买的正版软件实在少得可怜，还是做不到一步到位。一些软件还好说，像以前用WinRAR，现在改用开源的7-zip，以前用金山词霸，现在改用免费的Lingoes，以前用Mathtype，现在换回到MS Office自带的公式编辑器也能凑合。而一些价格昂贵却不可替代的软件就只能先留着。

前两天终于下决心把Adobe Acrobat Pro删了。实际上用Pro版只是用它的两个功能：文档注释和创建PDF，不可能因此花三四百美金去买正版的全套软件。创建PDF文档现在其实不大需要了，实在不行也可以用PS打印机；而PDF文档注释还是必需的。还好在网上找了一下，发现还有几个免费软件有这个功能，于是赶紧下载试用。

Foxit Reader是比较小巧的软件，界面简洁，响应速度快，也有中文版，并且具备了Acrobat Pro的大部分修改和注释PDF文档的功能。可惜对于免费的评估版，用它修改的PDF文档都会被贴上Foxit Reader的标签。并且用Text box和Typewriter敲进去的中文不能在页面上正确显示，另外它也不支持页面缩略图。

eXPert PDF Reader也是一个不错的软件，界面比Foxit Reader漂亮，但是响应速度要慢许多，显示效果和阅读体验也要差一些。并且修改PDF文档的功能很有限，只支持盖戳和修改或删除已有的注释，而不能添加注释。

PDF-XChange Viewer是一个更好的软件。它也分免费版和Pro版，免费版已经具有了所有的注释功能，并且不会随意贴标签，只要不使用已经加进去的Pro版功能（包括从文本和图片创建PDF文件，提取和裁剪页面等）。它有中文版界面，对中文支持很好，响应速度快，支持缩略图，可修改页面背景颜色，使用体验跟Acrobat很相像。只是现在的2.0040版有几个小问题，比如没有自动保存，不能直接点击选中图片，编辑撤销不管用，还有文本框的无背景颜色不能设置成缺省属性。不过综合比较，还是选用这个软件作为我的PDF阅读器了。